Pada Saat Salah satu anggota pain terbunuh oleh jiraya, maka mayat pain yg mati di autopsi oleh konoha, untuk mencari rahasia dari pain. Tetapi belum selesai mengotpsi dan belum banyak informasi pain yg di dapat, tiba-tiba pain muncul di konoha untuk menangkap naruto, seluruh desa konoha di ratakan dengan tanah oleh pain, tiada lg yang tersisa, dan saat itu terjadi naruto masih di desa kodok untuk berlatih sage mode.setelah naruto menguasai sage mode naruto muncul di konohan dan siap bertarung dengan pain.
